中介公司被扣掉的佣金应该按照会计准则进行账务处理。
首先，将佣金扣除的金额记录在负债或应付账款科目下，表示中介公司需要向相关方支付的金额。同时，在收入科目下记录相应的收入，表示中介公司获得的佣金收入。这样可以确保财务报表的准确性和完整性。
另外，中介公司还需要及时核对和对账，确保佣金的扣除和支付的准确性，并及时与相关方进行沟通和协商，以确保业务的顺利进行。
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