代扣代缴手续费是企业所缴纳的劳务费用之一，适用于增值税一般纳税人，应当计入销售额，以及纳入增值税纳税申报表的附表一的第一栏（销售额及税额汇总表）中。
具体操作流程如下：
1. 在填写增值税纳税申报表附表一的第一栏时，需要在“应税项目信息”栏目下填写劳务费用总额及纳税比例、应税销售额等信息。
2. 如果企业是以月为单位申报增值税，那么代扣代缴手续费的金额应该在当期的销售额中计算，并在当月的增值税申报表中予以申报。
3. 如果企业是以季度为单位申报增值税，那么代扣代缴手续费的金额应当在所属季度内的销售额中计算，并在季度申报表中予以申报。
在申报增值税时，企业还需要注意代扣代缴手续费是否是符合税法规定的税前扣除项目。如果符合规定，可以在计算企业所得税时予以扣减。
在附表一中，应该选择“租赁和商务服务（14%）”这一栏进行申报增值税。
因为代扣代缴手续费被归类为提供商务服务，而商务服务的税率是14%。
需要注意的是，在填写纳税申报表时，还需按照实际的销售额和进项税额进行正确计算和申报。
1，如果分公司有增值税业务，可以向税务局领购增值税发票。总公司可以向分公司开具增值税发票。 不过注意一点：对企业附设的不在同一县（市、区）国税局管辖范围内不单独核算收入的工厂、车间、仓库等分支机构，相互移送货物不做视同销售处理。
2，公司本级（或分公司）当月应缴增值税＝公司统一核算的当月应缴增值税总 额×[公司本级（或分公司）当月应税销售收入÷公司统一核算当月应税销售收入总额] 。
3，中华人民共和国增值税暂行条例第二十二条 增值税纳税地点： 总机构和分支机构不在同一 县(市)的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国家税务总局或其授权的税务 机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。 以下是我的理解：分公司要向总公司开能抵扣的增值税发票，要满足以下条件：独立核算，向当地税务机关申请成为一般纳税人。
4，总公司可以向分公司平销商品，只要两者内部协商好即可，税法上并无相关的硬性规定。
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