合作医疗和补充医疗保险都是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
农村居民住院补充医疗保险是建立在新型农村合作医疗基础上，为提高农民医疗保障水平的一种补充医疗保险，是新型农村合作医疗制度的补充和延续，必须参加了新型农村合作医疗才可投保。
合作医疗和补充医疗保险收集的费用（包括各级政府的补贴资金），全额用于农村参与者的住院医疗费补助，任何部门不得从中提取任何费用。合作医疗和补充医疗保险经办机构的人员工资、业务经费及宣传费用等，由政府全额拨付。
补充医疗保险是相对于基本医疗保险而言的，包括企业补充医疗保险、商业医疗保险、社会互助和社区医疗保险等多种形式，是基本医疗保险的有力补充，也是多层次医疗保障体系的重要组成部分。
与基本医疗保险不同，补充医疗保险不是通过国家立法强制实施的，而是由用人单位和个人自愿参加的。是在单位和职工参加统一的基本医疗保险后，由单位或个人根据需求和可能原则，适当增加医疗保险项目，来提高保险保障水平的一种补充性保险。
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