首先说一下相同点：
他们都是由中国人民银行批准成立的合法金融机构，具有吸收存款、发放贷款等银行该有的功能他们都是有的，也都接受银保监局监督管理，而且服务对象也都是农村乡镇的广大居民，从他们的名字就可以看出是为农村地区提供金融服务的金融机构。
接着咱们主要说一下不同点：
首先最直观的一点就是，农村信用社属于农村金融机构，其全名叫农村信用合作联社，早些年许多农村地区的朋友可能还都有一个叫“股金证”的东西，就是由社员入股，相当于现在的原始股，缴纳一定的入社费就可以成为信用社的股东，年末可以参与分红，他的股权结构多为合作制，这也是农村信用合作联社作为农村合作金融的特别之处。
而农商行是农村信用社经过多年的发展，资本金不断扩大，内部运转机制逐渐的健全，消化掉历史的包袱，股权优化后而改制形成的较为专业的银行机构，可以说已经达到了现代专业银行的有关标准，运行将更加的正规和稳健，可以说农商行是农村信用社的升级版。
其次从管理上讲，农村信用社受省级联社直接管理，而省级联社受当地政府直接管理，遵循“一社一法人”制度，每一个机构单位都是自主独立的法人单位，需要自负盈亏，相当于下面各个分社是省级联社的加盟店，在运营过程中自主权将更大；而农商行不同，他只有总行是一级法人单位，各个分行的运行受总行的直接管理，完全是公司化运作，股东大会是其最高权力机构。
最后从运作模式上看，农信社的业务相对单一，服务对象也相对固定，而且从硬件设施、制度建设、运作模式上看，全国的农信社可谓千差万别，参差不齐；而农商行因受银保监局直接管理和监督，在运行模式上将更加规范和正规。
那么到这两类银行存贷款有什么风险吗？
从上面的分析看，农信社虽然是一个农村的金融合作机构，不能完全称得上是银行，但是也受人民银行存款保险50万元本息的保障，也是相对安全的。
但是从业务发展方面看，农信社在运行过程中自主权可能更大一点，大家从他们的贷款门槛等方面可能就有所感觉，同样的条件下，尤其是农民朋友，去农信社贷款可能更加容易一点，对农村地区的朋友来说农信社还是比较有感情的，也是值得信任的。
但是任何事情都有两面性，因为其管理方面自主权较大，在日常经营过程中可能会存在诸多在其他正规银行看似不可能发生的违规操作，在这里可能发生率会高一点，但是经过多年的发展和其管理水平的不断提升，和监管力度的不断加大，以前许多违规存在的问题也在逐渐的减少和消失。
总的来说农村信用社和农商行都是正规的金融机构，都在我国银保监局和人民银行的管理范围之内，不会发生大的风险事件，但是和其他大型国有银行和正规的股份制商业银行比，他们的抗风险能力、运行管理能力、内控保障等方面还有待加强。
那么大家对于农村信用社和农商行怎么看呢？你们有过去这些机构办业务的经历吗？
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