取得免税农产品发票是可以抵扣的，一般分为3种情况，
1、取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
2、从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。A企业2020年7月购进用于生产销售税率9%货物的农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，票面金额9709元，税率3%，税额291.27元，则A企业当期抵扣进项税额=9709*9%=873.81元。
3、取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。A企业2020年7月购进用于生产销售税率9%货物的农产品，取得农产品销售发票，票面金额10000元，税率为免税，税额0元，则A企业当期抵扣进项税额=10000*9%=900元。
