(一) 购进农产品时，如果取得的是适用税率的专用发票或海关专用缴款书，那么可以根据票面所注明的
增值税额来进行抵扣。
(二) 当从农业生产者那里购入农产品时，需要依据农产品收购发票或销售发票上注明的买价和9%的扣除率来计算进项税额。需要注意的是，这里所说的农产品销售发票，是指农业生产者在销售自产农产品时适用免征增值税政策而开具的普通发票。
(三) 对于从小规模纳税人处购进的农产品，如果取得了3%征收率的专用发票，则应以该增值税专用发票上注明的金额以及9%的扣除率来计算进项税额。
(四) 上述提到的(一)、(二)、(三)这三种情况，如果用于生产或者委托加工13%税率的货物的话，在领用当期还可以加计扣除1%的进项税额。
(五) 纳税人在购进农产品的过程中，如果既用于生产或委托加工13%税率货物又用于生产其他货物服务的话，应该分别进行核算。如果没有做到分别核算，那么就统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额作为进项税额，或者是按照农产品收购发票或销售发票上注明的买价加上9%的扣除率来计算进项税额。
(六) 从批发、零售环节购进那些适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，是不能作为计算抵扣进项税额的凭证来使用的。
(七) 另外，从小规模纳税人那里购进农产品后，如果只取得了3%征收率的普通发票，同样也不能将其作为计算抵扣进项税额的凭证。
