根据国家税务总局的规定，从农民手中购买农产品时，需按照发票上注明的购买价格以及9%的扣除率来计算进项税额。若所购农产品用于生产13%税率的产品，则在当期领用时可额外加计1%的进项税，使得实际扣除率达到10%。但国务院有特别规定的除外。
计算公式为：进项税额=买价×扣除率（9%或10%）。
需要注意的是，在进行增值税纳税申报时，试点纳税人应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”的合计数填写到《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏的“税额”栏目下，而无需填写该栏下的“份数”和“金额”数据。
