个人独资企业的办税人员可以通过自然人税收管理系统扣缴客户端，帮助投资人进行经营所得的申报。
1、首先，纳税人需要登录网站，并点击“我要办税”选项，选择“自然人登录”进入系统。
2、登录成功后，点击“纳税申报”，然后选择“经营所得个人所得税月（季）度申报（A表）”，进入申报界面。
3、根据系统提示，纳税人需依次录入相关信息，确认申报信息后，点击“提交”，即可完成扣缴税款的操作。
个人独资企业的应纳税所得额计算公式为：当年累计销售总额(收入总额) - 成本、费用以及损失 - 个人独资企业投资者本人的费用扣除标准(当年实际经营月数×5000)；而当年应补缴的个人所得税则等于应纳税所得额乘以适用税率减去速算扣除数，再减去当年累计已预缴的个人所得税。
