在处理跨年取得的发票时，特别是那些属于前一年度的成本或费用，企业可以在汇算清缴之前进行扣除。根据国家税务总局2011年第34号公告和2012年第15号公告的规定，企业在所得税预缴时可以暂按账面发生金额核算，而在汇算清缴时则需按照税法规定进行处理。这一做法避免了退税的繁琐手续。
对于逾期取得的票据等有效凭证，企业可以在做出专项申报及说明后，追溯在成本、费用发生年度税前扣除。也就是说，企业应先行调增成本、费用发生所属年度的应纳税所得额，在实际收到发票等合法凭据的月份或年度，再调减原扣除项目所属年度的应纳税所得额。
在费用支出等扣除项目发生的所属年度造成的多缴税款，企业可以在收到发票的年度企业所得税应纳税款中申请抵缴。如果抵缴不足，可以在以后年度递延抵缴。此外，申请抵缴或是要求税务机关退还税款的时限不得超过3年。
因此，只要费用真实且申报可以抵扣，同时注意时限不能太长，为了减少不必要的麻烦，企业应尽量避免发票跨年入账。
