分公司进项总公司不能抵扣。
根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)的规定，纳税人在购买货物或应税劳务时支付的运输费用，其付款单位必须与开具抵扣凭证的销货单位或提供劳务的单位一致，才能申报抵扣进项税额。若不一致，则不予抵扣。
分公司是指那些在业务、资金、人事等方面受本公司管辖但不具有法人资格的分支机构。作为总公司的附属机构，分公司在法律和经济上都没有独立性。它们没有自己的名称和章程，也没有独立的财产。此外，分公司的债务由总公司的资产承担法律责任。
