总公司无法对分公司的进项税进行抵扣。
根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)的规定，纳税人在购进货物或应税劳务时，支付的运输费用必须由开具抵扣凭证的销货单位或提供劳务的单位收取，才能申报抵扣进项税额。如果支付款项的单位与开具抵扣凭证的单位不一致，则不能进行抵扣。
分公司是总公司在业务、资金、人事等方面管辖下的分支机构，不具备法人资格。分公司在法律和经济上没有独立性，仅作为总公司的附属机构存在。分公司没有自己的名称、章程和财产，其债务由总公司的资产承担法律责任。
