处理员工生育津贴差额的会计操作流程如下：
1. 在计提工资时，
借方记入管理费用，贷方记入应付职工薪酬-工资。
2. 发放工资时，
借方记入应付职工薪酬-工资，贷方记入银行存款。
3. 收到社保局返还的生育津贴时，
借方记入银行存款，贷方记入管理费用。
4. 如果收到的津贴需要支付给职工，
借方记入银行存款，贷方分别记入其他应付款和应交税费-应交个人所得税。
计算公式说明：由于生育津贴是根据产假天数来计算的，因此计算过程中需要先将单位月平均缴费工资折算成日标准，然后再乘以天数。通常，生育津贴是以30天为基准日标准；而对于月工资而言，则以21.75天(计薪天数)为基准来计算日工资。
