企业所得税的申报与预缴流程，对于总、分机构而言，是按月或按季度进行的。这意味着，无论是总机构还是其下属的分支机构，都需要根据规定的时间节点，向当地的税务机关提交纳税申报表，并完成税款的预缴工作。
在实际操作中，总机构承担着重要的角色。它需要统一计算企业当期应纳的企业所得税总额，然后根据预先确定的分配比例，计算出总机构和各分支机构各自应缴纳的税额。这一过程完成后，总机构和分支机构将分别向各自的主管税务机关办理纳税申报手续。
值得注意的是，各分支机构并不需要进行企业所得税的汇算清缴工作。这项任务统一由总机构来执行，总机构将按照相关的规定和程序，完成这一重要环节。
此外，总机构还需要根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，按照规定的分摊比例，计算出总机构和各分支机构的应纳企业所得税额。在这个过程中，需要扣除各自已经预缴的税款，然后根据多退少补的原则，分别由总机构和分支机构进行税款的调整。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十九条第二款的规定，居民企业在中国境内设立的不具有法人资格的营业机构，应当汇总计算并缴纳企业所得税。这就意味着，如果一个企业设立了分公司，那么这些分公司由于不具有法人地位，也需要按照新的企业所得税法规定，进行企业所得税的汇总计算和缴纳。这是为了确保税收的公平性和有效性，同时也是对企业财务管理的一种规范和要求。
