一般纳税人若购买自产农产品，可按9%的比例进行增值税进项税额的抵扣。对于深加工后的农产品，则可以额外扣除1%。专票上的金额直接用于抵扣计算。
根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)，纳税人在购进农产品时，其进项税额的计算方法如下：
（一）除特殊情况外，纳税人从一般纳税人处购进农产品，如果取得了增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，那么应以这些票据上注明的增值税额作为进项税额；如果是从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人那里取得增值税专用发票，则需要以发票上注明的金额和9%的扣除率来计算进项税额；而当取得的是农产品销售发票或收购发票时，同样需要以发票上注明的农产品买价和9%的扣除率来计算进项税额。
（六）《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项以及本通知中提到的销售发票，指的是农业生产者在销售自产农产品且适用免征增值税政策的情况下开具的普通发票。
