在财政直接支付方式下，单位需要根据收到的“财政直接支付入账通知书”及相关原始凭证进行会计处理。具体来说，单位应按照通知书中的直接支付金额，借记“行政支出”、“事业支出”等科目，贷记财政拨款预算收入。
到了年末，单位还需要根据本年度财政直接支付预算指标数与当年财政直接支付实际支出数的差额进行会计处理。具体来说，单位应借记“资金结存—财政应返还额度”科目，贷记财政拨款预算收入。
