小规模纳税人在开具增值税专用发票时，需要依法缴纳相应税款。
根据国家税务总局发布的2016年第44号公告《国家税务总局关于部分地区开展住宿业增值税小规模纳税人自开增值税专用发票试点工作有关事项的公告》以及2017年第4号公告《国家税务总局关于开展鉴证咨询业增值税小规模纳税人自开增值税专用发票试点工作有关事项的公告》，试点区域内的小规模纳税人在开具专用发票后，需按照相关规定申报并缴纳税款。
具体来说，试点纳税人在填写增值税纳税申报表时，应将当期开具专用发票的销售额分别按3%和5%的征收率记录在《增值税纳税申报表》（适用于小规模纳税人）的第2栏和第5栏“税务机关代开的增值税专用发票不含税销售额”的“本期数”相应栏次中。这一规定确保了所有通过自开专用发票方式销售商品或提供服务的小规模纳税人都能够正确履行其税务义务。
