在房企完成土地增值税清算后，对于剩余的尾房销售，必须遵循《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第八条的规定。具体来说，那些在土地增值税清算过程中未被转让出去的房地产，一旦清算结束后进行销售或有偿转让，相关纳税人就需要按照规定提交土地增值税的纳税申报。计算应扣除的项目金额时，需要将清算时的单位建筑面积成本费用乘以实际销售或转让的面积（单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积）。此外，如果纳税人已经对某个项目完成了清算，并且该项目仍有房产待售，那么这些房产的销售应在当月内重新进行清算，而不需要先预征然后再启动新一轮的土地增值税清算程序。
这一规定的核心原因在于：土地增值税是基于国家相关部门批准的单个房地产开发项目来进行清算的。对于分阶段开发的项目而言，则以每个分期开发部分作为独立的清算单位。这意味着，在进行土地增值税计算时，不能将属于同一清算单位内的房地产开发成本费用与其他项目混合使用；同时，也不能将同一个项目分割成多个清算单位来处理。因此，在一个开发项目完全清算之后，其剩余房产若再次被转让，就不能单独作为一个清算单位来计算相应的土地增值税了。
