根据《财政部、国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税〔2005〕94号），单位为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税。因此，对企业为员工个人缴存的补充养老保险，应在企业向保险公司缴付时（即该保险落到被保险人的保险账户）时，由支付人扣缴个人所得税。
企业所得税方面，对于建立补充养老保险（年金）制度的企业，职工扣款和企业支付部分允许按照比例在缴纳企业所得税前进行扣除。按照《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）的规定：自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
