企业所得税过渡优惠与企业所得税法及其实施条例规定的优惠：
《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）规定，当企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例规定的优惠政策存在交叉时，企业可以选择最优惠的政策执行，但不能叠加享受。一旦选择，不得改变。此外，《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税〔2009〕69号）进一步明确了这一原则，即不得叠加享受且一经选择不得改变的税收优惠情形，限于定期减免税和减低税率类的税收优惠。
高新技术企业低税率和“两免三减半”优惠：
根据《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》（国税函〔2010〕157号），居民企业如果被认定为高新技术企业，并且处于国发〔2007〕39号文件规定的定期减免税优惠过渡期内，该企业可以选择依照过渡期适用税率并适用减半征税至期满，或者选择适用高新技术企业的15%税率，但不能享受15%税率的减半征税。
舟曲灾后恢复重建税收减免与汶川灾后重建税收优惠：
《财政部、海关总署、国家税务总局关于支持舟曲灾后恢复重建有关税收政策问题的通知》（财税〔2010〕107号）明确了对灾区企业和个人的税收优惠政策。如果纳税人既可享受本通知的税收优惠政策，也可享受国家支持汶川地震灾后恢复重建的税收优惠政策，可由纳税人自主选择适用的政策，但两项政策不得叠加使用。
下岗再就业税收优惠：
《财政部、国家税务总局关于下岗失业人员再就业有关税收政策问题的通知》（财税〔2005〕186号）规定，如果企业既适用本通知规定的下岗失业人员再就业优惠政策，又适用其他扶持就业的优惠政策，企业可选择适用最优惠的政策，但不能累加执行。此外，《财政部、国家税务总局关于延长下岗失业人员再就业有关税收政策的通知》（财税〔2009〕23号）也做出了类似规定。
促进残疾人就业税收优惠与流转税优惠：
《财政部、国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》（财税〔2007〕92号）规定，对安置残疾人的单位，实行限额即征即退增值税或减征营业税的办法。如果又适用下岗再就业、军转干部、随军家属等支持就业的税收优惠政策的单位，可选择适用最优惠的政策，但不能累加执行。
软件企业和集成电路企业所得税优惠与企业所得税其他优惠：
根据《国务院关于印发进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》（国发〔2011〕4号），符合条件的软件企业和集成电路企业享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”优惠政策，在2017年12月31日前自获利年度起计算优惠期，并享受至期满为止。同时，《财政部、国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》（财税〔2012〕27号）也规定了类似的优惠政策。当这些优惠政策与其他相同方式的企业所得税优惠政策存在交叉时，由企业选择一项最优惠政策执行，不叠加享受。
