在相同的地区或城市内，企业通常采用“总部-分店”的管理模式。在这种模式下，总部向分店配送商品被视为内部移库操作，所有相关活动均统一核算，并集中申报缴纳增值税。
当企业跨越不同地区或城市时，可以在非总部所在地设置地区总部，形成“总部——地区总部——分店”的三级管理模式。此时，总部向地区总部的商品配送需按照税法规定作为销售处理。经过申请，可以由总部统一进行财务核算，并向总部所在地税务机关集中申报和缴纳增值税。
根据增值税相关规定，对于跨地区经营的连锁企业而言，即那些由总部全资或控股开设、在总部领导下统一运营的分店，必须实施微机联网系统，以实现商品配送的统一化、财务核算的标准化以及经营管理的规范化。只有在获得国税机关审批同意后，才能允许总店和分店通过总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。而对于自愿连锁和特许连锁模式，其纳税地点保持不变，各独立核算的分店仍需分别向各自所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
