国债利息收入免征所得税，而其他债券的利息收入则需要计入应纳税总额，并按照适用的所得税税率（一般为25%）进行纳税。企业转让或到期兑付债券取得的价款，在减除购买债券的成本、持有期间确认的利息收入以及交易过程中相关税费后的余额，即为企业转让债券的收益，这部分收益也需要缴纳所得税。
当企业处置债券形成损失时，根据《国家税务总局关于发布的公告》（国家税务总局公告[2011]25号），需要向税务部门进行清单申报后，才能在税前扣除该损失。
