生物制药企业在采购过程中，能否抵扣进项税额取决于具体情况。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第691号）第十条规定，有几种情况下的进项税额不能从销项税额中扣除：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；
（四）国务院规定的其他项目。
