对于汇总计算后卷烟工业企业应向卷烟批发企业补收价款的情况，卷烟工业企业可以按照补收价款的数额，向卷烟批发企业开具蓝字增值税专用发票。
若汇总计算后发现卷烟工业企业需要向卷烟批发企业退还价款，则由卷烟批发企业根据退还价款的数额，向主管税务机关提交《开具红字增值税专用发票申请单》。在申请单上选择“购买方申请——已抵扣”栏次，然后由主管税务机关出具《开具红字增值税专用发票通知单》。在通知单上，需选择“购买方申请——需要作进项税额转出”栏次。最后，卷烟工业企业依据此通知单开具红字增值税专用发票。
