根据《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕167号），第三条规定了个人转让限售股的税收计算方法。具体来说，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝限售股转让收入—（限售股原值 合理税费）。这意味着，在计算个人转让限售股的所得税时，首先需要确定限售股的转让收入，然后扣除股票的原购买价格以及相关的合理税费。
接着，根据上述公式计算出的应纳税所得额，再乘以税率20%，即可得出应纳税额。这里的限售股转让收入指的是实际收到的转让金额，而限售股原值则包括了买入股票时的原始成本和按规定支付的相关费用。合理税费涵盖了交易过程中产生的印花税、佣金、过户费等与交易直接相关的费用。
值得注意的是，如果纳税人无法提供完整且真实的限售股原值凭证，或者无法准确计算限售股原值，税务机关将会按照转让收入的15%来核定限售股原值及合理税费。这一规定旨在确保税收的公平性和准确性，同时保护国家税收利益。
总之，该通知明确了个人转让限售股所得的税收处理规则，为相关税务操作提供了明确的指导和依据。
