增值税专用发票的作废流程如下：
根据《国家税务总局关于修订的通知》第十三条，一般纳税人在开具专用发票当月，如果发生销货退回、开票有误等情形，且收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件，可以按作废处理；如果在开具时发现有误，也可以即时作废。
要作废专用发票，需要在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，并在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
第二十条规定了同时具有以下情形的，为本规定所称作废条件：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
（二）销售方未抄税并且未记账；
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
本规定所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。
