苗木企业销售花卉可以免征增值税。
1、根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。自己种植加销售苗木，免征增值税。
2、根据《中华人民共和国企业所得税法》及《国家税务总局关于实施农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠问题的公告》(国家税务总局公告2011年第48号)相关规定，苗木种植可免征企业所得税。但是注意：企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；不免税，按照项目的所得减半征收企业所得税。
