免税合并和应税合并的主要区别在于被合并企业是否需要确认全部资产的转让所得或损失，以及是否计算缴纳所得税。
在免税合并中，被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，也不计算缴纳所得税。这意味着税法不承认公允价值，因此合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本必须以被合并企业原账面价值为基础来确定。由于投资方可能采用公允价值入账，这会导致资产负债账面价值与计税基础之间产生暂时性差异，从而需要确认递延所得税资产或递延所得税负债。
相比之下，在应税合并中，被合并方需要计算缴纳所得税。税法认可其公允价值，因此资产或负债的计税基础就是公允价值。如果投资方采用公允价值入账，此时资产负债的账面价值和计税基础是相等的，不会产生暂时性差异，也不需要确认递延所得税资产或递延所得税负债。
具体来说，在应税合并中，被合并企业需要按照公允价值转让和处置资产，并缴纳所得税。合并企业则接受被合并企业的资产，计税基础为公允价值。如果属于同一控制
会计处理，按账面价值核算会产生递延所得税；而如果属于非同一控制会计处理，按公允价值核算则不产生递延所得税。
而在免税合并中，合并企业接受被合并企业的资产，计税基础为原账面价值。被合并企业不需要缴纳所得税。如果属于同一控制会计处理，按账面价值核算不产生递延所得税；而如果属于非同一控制会计处理，按公允价值核算则会产生递延所得税。
