计算税款的方式会因税种的不同而有所不同。大体上，应纳税额的计算公式为：应纳税额=应纳税所得额×适用税率 - 减免税额 - 抵免税额 =（收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除 - 允许弥补的以前年度亏损）×适用税率 - 减免税额 - 抵免税额。
在这个公式中，减免税额和抵免税额是指根据企业所得税法和国务院的税收优惠规定减征、免征和抵免的应纳税额。
对于不同的纳税人，其应纳税额的计算方式也有所不同。例如，
增值税一般纳税人的应纳税额=当期销项税额-当期进项税额。如果当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
对于增值税小规模纳税人，他们不得抵扣进项税额。因此，他们的应纳税额计算公式为：应纳税额=销售额×征收率。
对于进口货物的纳税人，他们按照组成计税价格来计算税款，不得抵扣任何税额。组成计税价格=关税完税价格 关税 消费税，应纳税额=组成计税价格×增值税税率。
消费税的计算方法有两种，一种是从价定率办法，即应纳税额=销售额×税率；另一种是从量定额办法，即应纳税额=销售数量×单位税额。自产产品、委托加工和进口产品的组成计税价格各有不同。
最后，企业所得税的应纳税所得额的计算方法为：应纳税所得额 = 收入总额 - 准予扣除项目金额，或者：应纳税所得额 =
利润总额 纳税调整增加额 - 纳税调整减少额。对于实行核定应税所得率征收方式的，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额= 收入总额 × 应税所得率。
