根据股权激励相关的税收规定，当股权的公允价格与员工实际支付的价格之间存在差额时，这部分差额需要按照转让财产所得来缴纳个人所得税。具体来说：
1. 在员工层面，他们需要将这部分差额确认为工资薪金所得。这是因为，尽管这部分收入并非直接来自工资，但由于它是通过股权交易获得的，因此，员工需要将其视为工资薪金所得。
2. 根据税法的规定，员工需要对这部分工资薪金所得缴纳个人所得税。这是因为，无论是工资薪金所得还是其他形式的收入，只要超过了一定的免税额度，都需要缴纳个人所得税。
3. 对于公司来说，他们在实施股权激励计划时，也需要考虑到这部分税收的影响。因为，如果股权的公允价格与员工实际支付的价格之间的差额过大，那么，公司可能需要承担更大的税收负担。
4. 因此，公司在设计股权激励计划时，不仅需要考虑如何激励员工，还需要考虑如何合理避税，以降低公司的税收负担。
5. 最后，对于员工来说，他们在参与股权激励计划时，也需要了解相关的税收规定，以便正确计算和缴纳个人所得税。
总的来说，股权激励计划中的税收问题是一个复杂的问题，需要从多个角度来考虑和处理。
