企业多缴纳的耕地占用税可以申请退税。根据相关规定，耕地占用税是以纳税人实际占用的属于耕地占用税征税范围的土地面积为计税依据，按照当地适用税额一次性征收。具体的计算公式为：应纳税额=应税土地面积×适用税额。
首先，应税土地面积包括经批准占用面积和未经批准占用面积，以平方米为单位进行计量。这意味着企业在占用耕地时，无论是经过正式批准还是未经批准，都需要按照实际占用的土地面积来计算应纳税额。
其次，耕地占用税的计算是根据当地的适用税额进行的。不同地区的适用税额可能有所不同，因此企业在计算应纳税额时需要参考当地的具体规定。
最后，耕地占用税是一次性征收的，也就是说企业在占用耕地时只需要缴纳一次税款，无需分期缴纳。
综上所述，企业多缴纳的耕地占用税可以申请退税。企业需要根据实际占用的耕地面积和当地的适用税额来计算应纳税额，并按照规定一次性缴纳税款。
