当总机构和分支机构位于不同的税率地区时，首先需要由总机构统一计算全部应纳税所得额。接下来，根据本办法第六条规定的比例和第十五条计算的分摊比例，计算出不同税率地区机构的应纳税所得额。然后，分别按照各自的适用税率计算应纳税额，并将这些税额加总得出汇总纳税企业的应纳所得税总额。最后，按照本办法第六条规定的比例和第十五条计算的分摊比例，将就地缴纳的企业所得税款分摊给总机构和分支机构。
在实际操作中，总机构需要收集分支机构的相关资料，包括收入、成本、费用等信息。然后，根据税法规定的税前扣除项目和标准，对分支机构的应纳税所得额进行计算。同时，还需要考虑到分支机构所在地的税收政策和税率，以确保计算结果的准确性。
在计算完毕后，总机构需要将计算出的应纳税所得额和应纳税额通知给分支机构。分支机构则需要按照通知的要求，及时向当地税务机关申报并缴纳企业所得税款。如果分支机构所在地的税务机关对计算结果有异议，可以向总机构提出申诉，并要求重新计算税款。
需要注意的是，总机构和分支机构之间的税款分配是按照一定比例进行的。这个比例是根据总机构和分支机构的实际经营情况和利润分配情况来确定的。因此，在进行税款分配时，需要充分考虑到各个机构的具体情况，确保分配比例的公平合理。
总之，当总机构和分支机构位于不同的税率地区时，需要通过一系列的计算和分配步骤，确定各自的应纳税所得额和应纳税额，并按照约定的比例进行税款的分摊和缴纳。这个过程需要总机构和分支机构密切合作，确保税款的准确计算和及时缴纳，以遵守税法规定并维护双方的合法权益。
