当总机构和分支机构位于不同的税率地区时，首先需要由总机构统一计算全部应纳税所得额。接下来，根据本办法第六条规定的比例和第十五条计算的分摊比例，计算出不同税率地区机构的应纳税所得额。然后，分别按照各自的适用税率计算应纳税额，并将这些税额加总得出汇总纳税企业的应纳所得税总额。最后，按照本办法第六条规定的比例和第十五条计算的分摊比例，将就地缴纳的企业所得税款分摊给总机构和分支机构。
在实际操作中，总机构需要收集分支机构的相关资料，包括收入、成本、费用等信息。然后，根据税法规定的税前扣除项目和标准，对分支机构的应纳税所得额进行计算。同时，还需要考虑到分支机构所在地的税收政策和税率，以确保计算结果的准确性。
在计算完毕后，总机构需要将计算出的应纳税所得额和应纳税额通知给分支机构。分支机构则需要按照通知的要求，及时向当地税务机关申报并缴纳企业所得税款。如果分支机构所在地的税务机关对计算结果有异议，可以向总机构提出申诉，并要求重新计算税款。
需要注意的是，总机构和分支机构之间的税款分配是按照一定比例进行的。这个比例是根据总机构和分支机构的实际经营情况和
利润分配情况来确定的。因此，在进行税款分配时，需要充分考虑到各个机构的具体情况，确保分配比例的公平合理。
总之，当总机构和分支机构位于不同的税率地区时，需要通过一系列的计算和分配步骤，确定各自的应纳税所得额和应纳税额，并按照约定的比例进行税款的分摊和缴纳。这个过程需要总机构和分支机构密切合作，确保税款的准确计算和及时缴纳，以遵守税法规定并维护双方的合法权益。
