与一般企业一样，增值税、企业所得税或个税经营所得（适用于个体或个人独资企业）以及印花税、各种财产行为税等都是需要缴纳的。
然而，在税收方面，对于增值税有一些优惠政策。例如，医疗机构提供的医疗服务可以免征增值税。根据国务院《医疗机构管理条例》和卫生部《医疗机构管理条例实施细则》的规定，经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构，以及军队、武警部队各级各类医疗机构都可以享受这一优惠政策。这些机构包括各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心等。
此外，自2019年2月1日至2023年12月31日，如果医疗机构接受其他医疗机构委托，按照不高于地（市)级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，也可以适用免征增值税政策。
需要注意的是，如果提供的医疗服务不符合上述规定，一般纳税人的增值税税率为6%，小规模纳税人征收率3%。此外，针对湖北省的增值税小规模纳税人，从2020年3月1日至2021年12月31日，适用3%征收率的应税销售收入可以免征增值税。
