事业单位在享受服务或购进物品时，如果采用财政直接支付方式并收到“财政直接支付入账通知书”，会计分录如下：借：事业支出等；贷：财政补助收入。
当事业单位取得收入时，可以分为事业收入和经营收入两类。其中，事业收入是核算事业单位开展专业业务活动所取得的收入，余额一般在贷方，反映事业收入累计数。根据事业收入的种类或来源设置明细帐。收到从财政专户核拨的预算外资金也在本科目核算，但收到应返还所属单位的预算外资金，主管部门要通过“其他应付款”核算。
具体操作如下： 1. 取得收入时：借：银行存款(应收账款)；贷：事业收入。 2. 收到应缴财政专户的收入：借：银行存款；贷：应缴财政专户款。 3. 上缴应缴财政专户款：借：应缴财政专户款；贷：银行存款。 4. 收到财政专户拨入预算外资金时：借：银行存款；贷：事业收入。 5. 期末，应将“事业收入”贷方余额全部转入“事业结余”科目，结转后本科目应无余额。借：事业收入；贷：事业结余。
经营收入则是核算事业单位开展非独立核算经营活动取得的收入，余额一般在贷方，反映经营收入累计数。可根据收入种类设置明细科目，也可并设若干总帐科目。取得收入时：借：银行存款(现金)；贷：经营收入；应交税费-应交增值税(销项税额)。
最后，期末应将“经营收入”贷方余额全部转入“经营结余”科目，结转后本科目应无余额。借：经营收入；贷：经营结余。
