大部分情况下，普通发票是不能用于增值税抵扣的。但在某些特定情况下，农产品的普通发票可能可以抵扣9%，深加工产品可以加扣1%。此外，通行费电子普通发票以及旅客运输的普通发票、火车票和飞机票也可以用于增值税抵扣。
对于可以抵扣的情况，具体操作如下：
1. 农产品：借记原材料或库存商品等科目。 2. 通行费电子普通发票；旅客运输的普通发票、火车票、飞机票：借记管理费用等-差旅费科目，借记应交税费-应交增值税-进项税科目，贷记银行存款等科目。
根据《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)的规定，纳税人购进农产品时，如果取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。如果从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。取得(开具)农产品销售发票或收购发票时，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
此外，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项和本通知的规定，销售发票是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
纳税人购进国内旅客运输服务时，其进项税额可以从销项税额中抵扣。如果纳税人未取得增值税专用发票，可以按照以下规定确定进项税额：
1. 取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额。 2. 取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，按照公式：航空旅客运输进项税额=（票价 燃油附加费）÷（1 9%）×9%计算进项税额。 3. 取得注明旅客身份信息的铁路车票的，按照公式：铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1 9%）×9%计算进项税额。 4. 取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照公式：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1 3%）×3%计算进项税额。
