会计集中核算制度的实施策略包括以下几个方面：
首先，建立会计集中核算中心，完善中心工作职能。在初期实行计划财务、会计集中核算双职能并行的做法，没有成立独立的会计集中核算中心。这仅是一种过渡做法，“建立会计核算中心，加大资金使用监督”应成为会计集中核算工作的重点。建议在一级集中核算法人单位直属财务处的基础上，分立会计核算中心和计划财务管理中心，并驾齐驱，各司其职。
其次，完善预算管理制度，强化单位预算管理。全面预算管理作为事业单位加强内部基础管理的首要工作内容，是做好会计集中核算工作的基础。建议单位建立《全面预算管理办法》和《预算控制指标管理办法》等预算管理制度，合理安排预算编制实践；改革预算编制方法，全面推行“零基预算”；严格执行预算，推行预算执行分析考核制度。
此外，完善内外控制制度，确保财政资金、财产物资的安全。单位内部要加强财政资金管理，建立内部制约机制，防范风险。每一笔支出都应实行事前审核，在保证凭证真实、准确、合法、合理后，才能通知银行付款。对重大预算项目和专项经费要进行重点监控。
另外，建立相关管理办法及配套措施，加强会计队伍建设。虽然尚未出台全国性的具体可操作的会计集中核算管理办法，但建议单位根据实际需求建立相应的管理办法和配套措施来规范会计核算中心及会计人员的行为。
最后，为会计集中核算和支付提供可靠的技术保障。会计核算中心要建立一个高效的运转机制，立足于电算化和网络化，用现代信息技术手段来处理日常工作。建议单位选用一套较先进的财务管理系统软件，为会计集中核算提供可靠的技术保障。
