为克服网络会计的弊端，应当构建涵盖技术、法律及人才等措施的保障体系。
首先，在技术层面上，应当制定计算机机房和设备的管理制度、岗位职责和操作规程，加强软、硬件维护，防止计算机出现故障导致信息丢失。同时应建立会计数据系统的防火墙，在企业内部财务网络和对外公开信息网络之间设立一道屏障，将病毒及非法入侵访问者抵挡在内部网络之外，从而保护内部信息。企业应重点加强对信息输入、处理、输出的控制和管理，以保证数据的合法性和正确性。数据在输入前都要经过检验，输入时应当适当分工，输入后进行必要的校验。使用无法复制的电子签章，认真做好核心数据的备份。对于信息流则普遍采用加密技术（对称加密和非对称加密），以有效地防止关联方和非关联方的道德风险。建立身份认证中心对有关的访问用户进行多层身份认证，如口令控制、指纹识别、面容识别等。采取了上述措施后，企业计算机网络系统在实现物理意义开放的同时，就可以提高安全防范能力，增加“免疫”能力，确保网络系统的可靠运行。
其次，在法律政策层面上，应尽快建立和完善电子商务法规，以规范网上交易的购销、支付及核算行为；借鉴国外有关研究成果和实践经验，制定符合我国国情的网络会计信息管理、财务报告披露的法规、准则，具体规定企业网上披露的义务与责任、网络会计信息质量标准要求、监管机构及其权责等，为网络会计信息系统提供一个良好的社会环境。
最后，在人才层面上，应提高财会人员、管理人员对电子商务活动和网络会计的风险防范意识，降低非安全事故发生的概率。国家必须重视对高素质、复合型会计人才的培养和开发。教育尤其是高等教育，应当加快调整现行的会计教育体系，重组会计人员知识结构，更新教育手段和方法。最后应加大对现有财会人员的后续教育。
