根据《会计法》第四十二条规定，未按照规定保管会计资料，导致会计资料毁损、丢失的单位，县级以上人民政府财政部门将责令限期改正，并可处以3000元以上5万元以下的罚款。同时，对该单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可处2000元以上2万元以下的罚款。若涉及国家工作人员，还应当由其所在单位或者有关单位依法给予行政处分。
在严重情况下，会计人员有以上行为，县级以上人民政府财政部门将吊销其会计从业资格证书。如果以上行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。
针对实际工作中丢失原始凭证的情况，如果是外部凭证，如发票，专票可以向对方索取发票复印件作为记账凭证。普票目前没有明确文件，一般参照专票或以当地税局要求为准。纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件作为记账凭证。这一规定依据国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告（国家税务总局公告2020年第1号）。
对于银行回单的丢失，可以联系银行重新打印。
如果是内部凭证的丢失，有以下处理方式：
1. 如果丢失部分是可以自制的原始凭证，可以重新自制原始凭证，并从系统中再次打印整理好记账凭证。这种情况下属于公司内部的管理责任问题。
2. 如果丢失部分是发票记账联，可以根据公司的存根联作复印，并从系统中再次打印整理好记账凭证。
