已认证通过的发票，不可以取消认证。这是因为现在的认证系统是实时上传的，认证数据在认证的同时已经上传到全国的数据中心。一旦发票认证通过，税务系统就会自动记录下税额，并且这一过程是不可撤销的。
如果企业发现某些已认证的发票不能抵扣，可以采取进项税额转出的方式进行处理。进项税额转出是指将原本用于抵扣的税额转出，用于其他用途。这样做可以避免企业因为无法抵扣而造成的损失。
在进行进项税额转出时，企业需要按照相关规定进行操作。首先，企业需要将无法抵扣的发票进行标记，并在税务系统中进行相应的操作。然后，企业需要将转出的税额进行核算，并记录在会计账簿中。最后，企业需要将转出的税额报告给税务部门，以便税务部门进行核实和确认。
需要注意的是，进项税额转出并不是一种常见的操作，只有在特殊情况下才会使用。因此，企业在进行进项税额转出时，应该谨慎对待，并确保按照规定进行操作。同时，企业还应该及时与税务部门进行沟通，以了解相关的政策和要求，避免因为不了解规定而造成不必要的麻烦。
总之，已认证通过的发票不可取消认证，但企业可以通过进项税额转出的方式处理无法抵扣的发票。在进行进项税额转出时，企业需要按照规定进行操作，并与税务部门进行沟通，以确保操作的合规性和准确性。
