当纳税人出口货物劳务或发生跨境应税行为时，如果适用免抵退税办法，应首先办理免抵退税。在免抵退税办理完毕后，如果仍然符合公告规定的条件，可以申请退还留抵税额。
接下来，纳税人需要先申报
增值税，然后申报出口退税。在确定免抵退税应退税额后，再申请留底退税。最终的留底退税额将根据最近一期增值税主表的期末留底税额，扣除税务局核准的免抵退税应退税额后的余额来确定允许退还的增值税留底税额。
此外，存量留抵和增量留抵之间存在主要区别。存量留抵的退税方式是通过将当期期末的留抵税额与2019年3月31日的留抵税额相比较后，对孰低者的部分实施留抵退税。而增量留抵的退税方式则是通过将当期期末的留抵税额与2019年3月31日的留抵税额相比较后，根据实际情况对增量的部分或当期期末的留抵税额实施留抵退税。
