根据《企业
会计准则解释第3号》第四条，当公司因城镇整体规划、库区建设、棚户区改造或沉陷区治理等公共利益而搬迁时，收到的由政府财政预算直接拨付的搬迁补偿款应视为专项应付款处理。其中，如果这笔款项是用于赔偿企业在搬迁和重建过程中的固定资产和无形资产损失、相关费用性支出、停工损失及搬迁后新建资产的损失，那么这部分款项应从专项应付款转入递延
收益，并按照《企业会计准则第16号——政府
补助》进行会计处理。若扣除转入递延收益后的余额为结余，则该部分金额应作为资本公积处理。
除此之外的搬迁补偿款，应按照《企业会计准则第4号——固定资产》和《企业会计准则第16号——政府补助》等会计准则进行处理。
对于房地产开发企业，其拆迁补偿支出会通过“开发成本”进行核算。例如，当企业收到政府给予的搬迁补偿款并获得搬迁补偿收入时，首先会记入银行存款或其他应收款，然后转入专项应付款。接着，对于拆除厂房的净值和灭失土地使用权的折余价值，会记入营业外支出，并从固定资产清理和无形资产中扣除。之后，这部分金额会从专项应付款转入递延收益，再从递延收益转入营业外收入。此外，还需支付搬迁设备拆卸运输安装费和职工安置费用，这些费用会记入管理费用，并从银行存款中扣除。同样地，这部分金额也会从专项应付款转入递延收益，再从递延收益转入营业外收入。最后，对于重置固定资产的费用，会记入固定资产，并从在建工程或银行存款中扣除。这部分金额会从专项应付款转入递延收益，再从递延收益转入营业外收入。在完成上述流程后，若有结余的搬迁补偿收入，会从专项应付款转入资本公积。
在企业所得税方面，根据《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）第五条，企业的搬迁收入包括搬迁过程中从外部（如政府或其他单位）取得的搬迁补偿收入以及本企业搬迁资产处置收入等。第六条进一步明确，搬迁补偿收入是指由于搬迁而获得的货币性和非货币性补偿收入，具体包括被征用资产价值的补偿、搬迁和安置的补偿、停产停业损失的补偿、资产搬迁过程中毁损的
保险赔款以及其他补偿收入。第七条指出，搬迁资产处置收入是指由于搬迁而处置企业各类资产所取得的收入。
