增值税普通发票的红字发票流程主要包括以下四个步骤：
首先，企业或机构需要向主管税务机关申请制作红字发票。申请时，应依据国家《税收征收管理法》等法律法规，并提供有效的发票申报书、发票原件、发票代码号码、纳税人识别号、开票日期及详细的开票内容等。
其次，税务机构将对红字发票申报书内容及所提供的材料进行资料审核。如果审核属实，将出具审核表，通过审核后进入下一步。
第三步是确认备案。根据《发票管理办法》要求，税务机构将对经过初步审核通过、符合当地省税务机关规定的红字发票进行确认，备案登记，发行后由红字发票开具单位发放出去。
最后一步是发行红字发票。税务机关确认备案后，由发票开具单位发放红字发票。红字发票的来源、金额、税率及纳税人等要素均必须与相应原始蓝字发票保持一致，并在备案表中登记，记录备案信息。
拓展知识：红字发票是指作废或作废部分内容的原始蓝字发票。制作红字发票只能通过原始发票作废，由发票开具单位按照税务机关规定的规则制作，并由税务机构确认备案的方式发行。红字发票的开具必须与原始发票的内容完全一致，且必须开具一体的发票，即不得开具分开的发票。其使用的场景主要有：发票企业的形式性变更（如更改税务登记信息、业务地址和持票人等）、原发票损坏或遗失等。
