在处理两个部门之间的工作冲突时，首要的一步是进行开放性的沟通。主管和部门领导可以公开自己部门的工作计划、需求乃至期望，这样可以让双方对对方的要求有直观的理解，从而大大提高了双方能够达成妥协的几率。
其次，两个部门可以采取无偏袒的调解方式。这要求双方尊重对方的事实，并试图理解对方的观点。在这个过程中，双方都需要保持谦虚乐观、心态开放的态度。有时，双方可能会有建设性的折衷提议，比如将任务分解成多次完成，以满足两个部门的要求。
最后一点，双方应该确保每次调解的沟通都能获得合适的纪录。这些纪录应该得到双方的认可和尊重，以便下次再次遇到此类冲突时能够应用类似的协调途径。
如果两个部门的工作冲突持续不断，可以考虑组织深度研讨会来协调。在研讨会上，可以让双方发表观点，并由主持人分别发表评论。这样的做法有助于双方更好地理解对方的观点，从而达成更好的协议。
