土地增值税预缴计税依据是根据《土地税法》及其实施条例、土地增值税暂行条例（修订）、《企业所得税法》等国家有关政策规定所制定的，由国务院财政部门和地方政府共同规定的。总的来说，首先要确定增值税纳税义务人，然后依据《企业所得税法》第三十五条第一款和第二款之规定等确定纳税义务人的收益，利用收益确定减免范围，根据《土地增值税暂行条例（修订）》的有关规定，确定土地增值税税率，确定税款的计算，确定土地增值税纳税义务人的预缴税款。
拓展知识：土地增值税是由财政部、地方政府共同根据《中华人民共和国土地税法》及其实施条例、《土地增值税暂行条例（修订）》等国家法律、行政法规规定的，以土地取得或使用的费用和收入计算纳税人应缴纳的税款。相比于一般的增值税，土地增值税的特殊之处在于它比较重视企业土地交易的价格，企业受益，要按照收益额的比例计税，所以又叫做增值税，也可以称为“收入税”。
