根据《土地增值税暂行条例实施细则》，A企业的计算过程为：取得转让收入1500万元；扣除项目包括购进成本1000万元，契税1000×4%＝40（万元）、营业税金及附加（1500－1000）×5.6%（营业税5%、城建税7%、教育费附加3%、地方教育费附加2%）＝28（万元）、开发费用扣除（1000＋28）×10%＝102.8（万元），加计扣除（1000＋28）×20%＝205.6（万元）；增值额123.6万元，适用税率30%，应缴纳土地增值税37.08万元。
税务师事务所在进行清算鉴证时，否定了企业的计算方式，并作出了如下解释：
1.不能加计扣除。尽管A企业为房地产开发企业，但所转让房产非其直接开发和投入。根据国家税务总局《关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》（国税函发〔1995〕110号）规定，对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金。A企业买空卖空，类似于取得土地直接转让行为，不适用房地产开发的土地增值税计算办法。
2.适用旧房及建筑物扣除规定。A企业的转让行为应当参照财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）关于转让旧房准予扣除项目的规定，即纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《土地增值税暂行条例》第六条第（一）项、第（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
3.根据国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定，计算扣除项目时，“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计1年；超过1年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为1年。即扣除项目加计1000×5%＝50（万元）。
