根据《房产税暂行条例》第三条第一款规定：房产税依照房产原值一次减除10%～30%后的余值计算缴纳。具体减除幅度，由省、自治区、直辖市人民政府规定。第三条第三款还明确规定：房产出租以房产租金收入为房产税的计税依据。
因此，出租房虽然在权属上仍归A公司所有，但该公司收取的租金要按规定计算缴纳房产税。A公司以房产的计税余值来计算缴纳房产税的做法是错误的。税务机关应依法对该公司作出了限期补缴少缴税款并加收滞纳金的处理。
