如是单纯性扁桃体肥大，不需要任何的治疗。如果是小孩子的扁桃体生理性肥大，也不需要进行治疗。如果成年人由于扁桃体肥大导致睡眠打呼噜现象，或者慢性扁桃体炎反复急性发作，需要手术治疗。如果小孩子腭扁桃体伴有腺样体肥大，引起睡眠时打鼾及张口呼吸，也需要手术治疗。
扁桃体滤泡一般要进行手术治疗，其次选一些抗生素的药物进行治疗，而且要保持口腔清洁，适当用淡盐水漱口，以减少口腔内的细菌感染，另外不要乱用抗菌药物，并且多吃一些含维生素C的水果、蔬菜，以及要积极的参加体育锻炼，增强体质和抗病能力。
化脓性扁桃体炎在治疗时，如症状较轻，可以通过控制饮食来进行治疗。对于病情稍重者，可以给予消炎药物治疗，在选取治疗时一定要做好药物过敏实验，也可以通过粉剂药物直接喷到发炎的部位进行治疗。如果为急性化脓性扁桃体炎，病情较重时，可以考虑进行手术切除治疗。
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