首先，从设计理念来说，EOS是一款专为商业分布式应用而设计的区块链操作系统。与以太坊对所有潜在的去中心化应用都表现出包容性和中立性不同，EOS致力于为不同应用程序提供更多相同类型的常用功能，从而提高开发人员的效率。在这种理念的影响下，EOS在系统中引入了基于角色的权限管理、用于界面开发的WEB工具包、自描述接口、自描述数据库体系以及一个声明式许可方案。
其次，是共识机制的不同，以太坊到目前为止使用的是POW机制，同时正在努力向POS机制过渡;而EOS则使用的是基于石墨烯框架的股份授权证明(DPOS)机制。这种机制不同于POW需要依靠“矿工”用工作量来验证区块，它是通过社区成员选举产生“证人”，然后把验证交易的责任转交给他们，以达到减少节点数量，缩短交易处理时间的目的;同时，EOS系统中还包含一个基于股权权重投票产生的自治的社区。
除此之外，在区块链的可扩展性方面，以太坊计划使用分片技术来提高其交易延展性，而EOS从设计之初就计划，通过开发多线程智能合约处理技术来解决可扩展性的问题，目前其区块结构已经预先定义，在后续的开发过程中他们可以不采用硬分叉的方式进行升级。
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