这有几个原因：
1、每个理财APP对接的理财产品不一样，所有收益率不同，哪怕都是货基类的产品，收益率也会有误差。
2、每个理财APP的政策不同，讲白了就是理财APP赚的是收益差，比如货基的实际收益率是3，但是你作为理财APP资金规模大了就会有货基的返点，这个返点大家的做法不一，有的拿出来补贴用户的比较多，抢占份额，这样用户的收益自然就高了。
3、理财产品的收益不是一成不变的，每天都有正常的波动，所以收益率时刻都是不一样的。
因为支付宝和微信选择的是不同的基金
余额宝对接的是天弘基金旗下的余额宝货币基金，2018年5月3日，余额宝新接入博时、中欧基金公司旗下的“博时现金收益货币A”、“中欧滚钱宝货币A”两只货币基金产品。
微信的理财通与多家基金公司合作，给用户更多元的选择。现有的合作基金有华夏财富宝、汇添富全额宝、易方达易理财、广发天天红，以及招商招利、民生加银、银华双月的月度理财。
不同的货币基金自然带来了不同的收益情况，这个很好理解。
其实，我们在选择理财产品的时候，余额宝和理财通里面还有很多选择，里面的货币基金和定期理财的收益比它们都高。
如果多了解一些，可以有更多的选择。可能会带来更多的收益。
希望可以帮到你，感谢阅读。如有更好的理财方法，可留言交流。
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这个肯定不一样的，因为不同的理财APP上的理财产品都不相同，收益肯定是不一样的，就算是同一个理财APP上的不同理财产品收益也是会有差异的，就比如说银行理财APP，上面有很多理财产品，有的甚至是一个类型的比如稳赢6M，稳赢9M，这些类型是差不多的，但是期限和收益是完全不一样的，甚至风险分级也可能会有差别；
第二个就是同一个理财产品，嫁接在不同的APP上着也可能会有差别的，这个是其产品背后的公司和APP这家公司合作所谈的协议不同，是费率上的差距，不过这个对产品收益比较小。
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感谢邀答。同样的钱放在不同的理财APP收益的确不一样。以支付宝和微信两款APP为例，说明收益不一样的原因。
首先简单了解一下这两个平台及对应的理财产品。阿里巴巴支付宝平台上理财产品是余额宝，天弘基金是余额宝的基金管理人，余额宝对接的是天弘基金旗下的余额宝货币基金。腾讯公司微信平台推出的理财产品是理财通，理财通是与多家基金公司合作的产品平台，现有的合作基金有华夏财富宝、汇添富全额宝、易方达易理财、广发天天红等货币基金产品，并且会随情况变化不断调整产品。
同样都是对接的货币基金产品，收益为什么会不一样？虽然差别不大。原因如下：
一、余额宝对接的只有一家基金公司即天弘基金旗下的余额宝货币基金，天弘基金运作的收益就是余额宝的收益。理财通是一个产品平台，它的收益率对应的是平台严格挑选、收益率较高的货币基金的收益率。
二、同样都是货币基金因运作主体不一样，收益会不一样。各家基金公司不一样，资源不一样；各家基金公司规模不一样，在配置产品组合上也会不一样；基金经理策略也会产生一定的影响。
三、推出理财APP的公司竞争定位不一样。随着理财APP不断增多，为提高市场份额，收益不一样是差异化竞争的需要。
以上三点是不同的理财APP收益不一样的重要原因，在使用时一定要仔细研究，选择适合自己的产品。保证资金安全是第一位的。
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互联网金融是把双刃剑，用的好可以披荆斩棘，用不好可能遍体鳞伤。
网上理财APP很多，不同的APP的理财产品和投资风格不同，收益率自然也就不一样了。
就像题主在问题描述中说的，支付宝的余额宝和微信的零钱通，虽然都是对接的货币基金，但是两种货币基金的收益也不一样，现在看零钱通比余额宝略高一点。
对于刚刚接触互联网金融的朋友来说，一定要了解一些基本的常识，避免出现投资失误。我说一些常识，希望您能参考。
1、知道理财APP是哪家的
APP开发很容易，网上下载也非常简单，注册之后就能用，但是到底是哪家公司的APP一定要搞清楚。理财APP一定要选择知名银行、券商、基金、资金管理机构、互联网公司的产品。对一些名不见经传的XX宝、XX所、XX投资一定要认真甄别，不了解的情况下不要随便下载，一是安全性堪忧，二是个人隐私泄露，三是能注册不能注销。
2、了解投资产品的属性
下载了APP后，对里面的产品一定要了解清楚，是自己发行的，还是代销别人的，是低风险的，中风险的，还是高风险的，投资后有风险保障还是没有。比如余额宝是代销的货币基金，有被盗保险，但没有投资损失保障；支付宝定期理财也是代销的，属于中低风险，没有投资收益保障；P2P是自己发行的，属于高风险理财，有些虽然有投资损失保障，但是覆盖率仅有3%等等。
3、不要被高息诱惑
“收益率超过6%就要打问号”这句话是很有道理的，现在稳健型理财收益率一般不会超过6%，所以对于一些高风险、高收益的理财产品，发行单位往往只宣传预期收益，不警示投资风险，尽管以前投资的人都赚钱了，谁也不能保证今后的投资安全，所以，千万不要被高息诱惑。我身边的朋友投资的联璧金融、善林金融，到现在也无法拿回本金，这都是深刻的教训。
APP不同，收益肯定不一样，这是非常清楚的。
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