农村合作医疗可以在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，也可以在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时直接刷卡报销。
门诊报销比例分别为，乡镇卫生院报销比例40%，二级医院30%，三级医院20%。其中每次就诊的检查和手术费用控制在50元以内。
凡参加合作医疗的住院病人一次性，或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
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