题主好，不仅在民国时期，在医学史之上一共有三次禁止。第一次是因为俞樾的妻子因病去世之后，他对自己请来的中医不能让她妻子药到病除而生气，所以第一次提出禁止中医药，写了《弃药论》。最后两个禁令是因为已经有学生从美国和日本留学归来，把西医文化带进中国。在目前的环境之下，个别江湖郎中治病的死亡率与外国人西医的生存率进行了比较，很多人选择了西医。所以有禁止的理由和土壤。那我告诉你哪三条禁令。
1879，清末俞樾先生第一次提出废除它。俞樾认为，中医学的一切理论都是以阴阳五行为基础，辅以一些重要的脏腑经络学说，这是一件非常荒谬和愚蠢的事情。俞樾的倡议立即得到了晚清众多学者的响应。例如，著名学者严复认为，“其立案依据是捏造，而不是实际测量”。也就是说，当时的学者对中医的质疑基本上是从对中国古代“玄学、巫术”或“迷信”的质疑入手的。梁启超狠狠地批评中医：“学术界的耻辱，无足轻重！”
1912年，北洋政府第二次颁布了《仁济贵州教育制度》，将中医药排除在正规教育制度以外。”我们国家的医学没有科学依据，我决心今后废除中医药，”
1929年南京国民政府卫生会议第三次作出“逐步废除中医40年”的决定，这是第三次。
但其实纵观全局，反对中医并不是针对整个中医。而是针对以中医学为代表的不科学、不负责任的医学方法。就像当时巫师的医生画了一张符纸烧完，让你喝下去治疗。反对应该是反对的这些。
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中医，是老祖宗历经数千年不断探索和临床验证后，给国人留下的宝贵财富。在西医还没进入中国之前，一直独力承担着整个民族救死扶伤的重任。
鸦片战争后，随着西学东进，西医也渐渐得以进入中国。中医、西医同为治病救人，本应并行不悖殊途同归，并没有孰优孰劣之分。中医、西医争论由来已久，禁止中医始于道光，而盛于民国。
公元1822年，即位仅一年的清道光皇帝突然下了道圣旨，“ 针灸一法，由来已久，然以针刺火灸，究非奉君之所宜，太医院针灸一科，着永远停止 ”。究竟为什么要禁止？至今仍是清朝的一大悬疑。
北洋政府为西洋医学大开绿灯，炮制出著名的“教育系统漏列中医案”
1912年，北洋政府以中西医 “ 致难兼采 ”为由，在新颁布的学制及各类学校条例中，要求整个医学教育系统里，只剩西医一棵独苗，中医被排除在外。北洋政府教育部，最初的定调只是半遮掩式地以 “漏列” 进行搪塞。
一年后，教育总长汪大燮，强硬提出废除中医中药。废除的原因有两个，一是中医已落后于时代，是封建迷信的骗人把戏；二是学制均以日本学制为蓝本，日本在明治维新时，即已推行废除中医。
新式诊断方法的应用，某种程度上，无疑令“望、闻、问、切” 处在不利的位置。然而，中医辩证追求的，是标本兼治，与西医快餐式的治标不治本截然不同，可谓高下立判。排除中医中药，对中医行业打击最大，其次是令众多的患者在治疗方案上缺少选择，形成了西医一家独大。
为了自救，各地中医团体和医药总会组织“医药救亡请愿团”，推举代表进京向教育部、国务院请愿。刚要有所行动，教育部接着又插一刀。公布大学规程、医学专门学校规程和药学专门学校规程，排除中医于政府教育体系之外。
最终，北洋政府教育部及国务院，均以中医“ 非最新学说 ”、“ 非具有完全科学知识 ”等作出批示。最苦的，是刚念完中医的莘莘学子，到手的一纸文凭如同废纸。
中医虽在“中西医擂台赛”上大获全胜，仍阻止不了国民政府的猛烈打压
打压中医力度最大的，非国民政府不可。据《丁甘仁传》记载，早在北洋政府期间，中西医就曾在上海举行过一场擂台赛。西医广慈医院的洋医生问名医丁甘仁是否有胆量以中医挑战西医？丁甘仁医生当仁不让，二人最后约定就在广慈医院设擂治病。
各自在广慈医院住院部抽取一名伤寒病人进行治疗，治疗时间以二十天为限。丁甘仁医生抽到的是一名35岁的法国人，在服食五帖中药后，病人基本康复。结果，二十天后广慈医院的洋人院长面对众多记者宣布中医获胜。
即便如此，1929年国民政府在召开的第一届**卫生委员会议上，就迫不急待通过了“ 废止旧医以扫除医药卫生之障碍案 ”，同时规定六项废止中医的具体措施。即“废止中医案”。其中的第四、五项等同于宣告中医并不科学。(四、禁止登报介绍旧医；五、检查新闻杂志，禁止非科学医学宣传。)
此时的中医中药被描绘成巫术，而最为积极并极力要求废止中医的，是曾留学日本的西医余云岫，认为中医是“ **的祸首 ”，要求五十年内消灭中医。
国民政府从1929年开始，直至1947年这段时间，持续猛烈打压中医。不仅禁止中医办医院、 设学校、登广告外，还设立了审查国医资格委员会，审查限于经政府考试领有证书者、或中医学校肄业三年领有毕业证书者……等等。
在多重打压之下，大部分中医不得已之下只好另谋出路。而社会上歧视中医的事件亦时有发生，如杭州卫生局在中医执照上更加盖“ 中医不准使用西药以及注射器具，违者吊销执照，撤消资格 ”的字眼。
民国时期竭力消灭中医的原因，正如反中医的代表人物西医余云岫所言，一是中医理论皆属荒唐怪诞；二是中医脉法出于纬候之学，自欺欺人；三昊中医无能预防疫疬；四是中医病原学说阻遏科学化。
结语:
中、西医学互有长短，各有不足。中医不会消失也废止不了，中西结合取长补短，造福的是全天下人。
禁中医不是从民国开始，但是，民国时期禁中医最给力。
民国时期，坚决废止中医，不是心血来潮，而是对北洋政府政策的继承和延续。
早在1879年，清末国学泰斗俞樾，首次明确建议废除中医。俞樾认为中医理论建立在阴阳五行之上，辅以一些肺腑经络学说，非常荒谬且愚昧。
到了1912年，北洋政府颁布《壬子癸丑学制》，并将中医排除在正规教育系统之外。教育总长汪大燮公开表示：“吾国医毫无科学概要根据、余决意今后废去中医，不用中药。所请立案一节，难以照准。”
北伐成功，1929年，南京国民政府继承了此前北洋政府的中医政策，**卫生会议做出“以四十年为期，逐步废除中医”决定，这便是第三次废除“中医”，而且还是以国家政策的行政手段废止中医的。
这是现代科学认知与传统认知较量的结果。
1954年刘少奇在卫生部司局长座谈会中提议恢复中医，这才让大陆的中医有了现在的发展。
保留保护中医药，在新中国成立后的当时来讲，也许有必要。但从长远来看，这个决定正确与否，需要认真分析和思考。
将来，会有个正确认识的。
我是老泰迪，很高兴回答这个问题！
导语：
中医是我们中华民族的“一枝花”，有着数千年的辉煌历史。但曾在列强入侵后遭受了史无前例的劫难，史称“1929年中医废止案”，在回答为何禁止中医前我们先看29年废止案的过程。
1929中医废止案-中西医斗争
西方列强入侵后，西医逐渐传入中国，西医在开始的时候并没什么影响力，但是医界逐渐出现“西医一片倒”的情况，什么意思？那就是越来越多的医界大佬公开支持西医，西医逐渐落地生根，西方的解剖学、生理学、病理学、细菌学、临床诊断学开始影响中国人对于“医”的认知。
医界一部分人开始对中医进行质疑，认为中医是古老的封建迷信，他们认为中医已经落后于时代了。1925年中医界请求将国粹“中医”纳入学校作为一门学习的学科，但西医认为中西是落后的“医疗”，西医是先进的“医疗”，于是直接否定了这种要求，从此中西医矛盾开始激化。
行政性打击中医
1929年2月，卫生部召开第一次关于“废止中医”的会议，余岩提出“不准办学，不准学中医，让老旧的中医自然消亡，后继无人”，以此来遏制中医的根本性发展，但卫生部考虑到这条决议太过于“狠毒”，于是又经过了讨论，最终决定了较为缓和的方案，其方案如下：
“甲：旧医登记限至民国十九年为止;乙：禁止旧医学校;丙：其余如取缔新闻杂志等非科学医之宣传品及登报介绍旧医等事由，卫生部尽力相机进行。”《规定旧医登记案原则》
这便是1929年利用行政之便打压“中医”的手段。
很快这一决议便激怒了中医界，各地中医界代表人物在报纸上刊登新闻公开指责西医利用行政手段废除中医的“卑鄙”，各大报社看此事易发酵，于是争相刊登，一时间社会各界舆论纷纷。
中医请愿
中医专家认为中医的疗效绝不在西医之下，于是于3月21日带着一批请愿团从上海到达南京向国民党各级请愿，而南京国民政府才刚刚统一全国，自然是不想惹恼民间，于是卫生部部长迫于舆论的压力公开向大家说：“只要我在任，中医就不可能废除。”不久，请愿团收到政府批示：“撤消一切禁锢中医法令。”
这场关乎中医生死的事件最终以“保存中医”结束。
民国废除中医的理由：
1. 余岩给出的废除理由：余岩就是前面提到的“激进化废除”的代表人物，他认为中医不科学，并不能用较为科学的观点来解释中医。
2. 西医刚刚落地东方，想要生根只能打击中医，这是毋庸置疑的，这也就意味着这件事和“利益”挂钩。
3. 西方势力进入中国，“西学东渐”导致人们盲从西方事物，盲目跟从改革派。
结语：
1929年中医看似是胜利了，但是请愿结束后依旧遭受到了社会某些人的歧视，甚至根本性的远离中医，而作为国宝的中医至1929年起不得已，只能向科学举步维艰得进军。
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参考：https://baike.so.com/doc/10000206-10348018.html
《废止中医案》
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